Je pense qu'il serait faux de dire qu'il n'y avait pas de continuité dans la série. Il y avait différents auteurs, différentes sensibilités, oui. Mais jusqu'au XXIe siècle, si on excepte Rob-Vel et Jijé (qui représentent la pré-histoire de Spirou), on peut constater que les aventures du personnage prennent bien toute place l'une à la suite de l'autre. Il n'y a pas de "continuité" au sens "feuilleton" du terme (encore que, pour certains albums...), mais il y a bien continuité dans le sens où chaque nouvelle aventure se fait bien à la suite des autres, dans la continuité de ce qui a été fait avant, par rapport à l'évolution de l'univers des personnages (une fois qu'on connait Champignac, on y va de temps en temps et les personnages se connaissent; quand Spirou et Fantasio vivent ensembles, on retrouve leur maison dans une aventure ultérieure, etc...) mais aussi par rapport aux personnages eux-mêmes (Fantasio est de moins en moins loufoque, c'est pris en compte; Zorglub n'est plus un méchant, c'est pris en compte, etc...).
Il n'y avait jamais un auteur qui se disait: "hop, je reboote tout ça", ou "je repars du principe que Zorglub est un méchant en décidant volontairement d'oublier ce qui s'est passé dans le dernier Franquin et dans les albums de Fournier", ou "je situe l'action dans les années 50 alors qu'on est en 1989", ou "je décide de faire une suite directe à "La Mauvaise Tête" en imaginant que ça se passe vraiment juste après cette aventure, même si on est au tome 44", etc... En théorie, ça aurait été possible, mais personne ne l'a fait. Au contraire, il y a même de fréquents rappels des aventures passées des héros (voir par exemple la discussion entre les héros au début de "Vito la déveine" ou celle au début de "Paris-Sous-Seine" quand Spirou et Fantasio cherchent à savoir qui a pu inonder Paris). Et Le Petit Spirou n'a pas réellement brouillé les cartes, il était bien clair que c'était une version alternative de la jeunesse du héros qui n'avait pas d'incidence sur la série-mère . Pas plus que l'histoire "La jeunesse de Spirou", qui est la version de l'Oncle Paul pour la déconne.
Mais avec les one-shots, là oui les cartes sont définitivement brouillées. On peut discuter de savoir si c'est bien ou pas bien, ça c'est un autre débat - on peut trouver très bien le fait que l'univers de ce personnage soit désormais éclaté, pourquoi pas, cela peut permettre plein de choses. Mais ça représente une vrai différence par rapport à ce qui se faisait avant.
Et même dans la série-mère, on commence à avoir des "problèmes" de continuité: Zorglub immédiatement perçu comme un méchant par les héros au début de "Aux sources du Z" (bon, ça se discute...), et le traitement de l'oubli du marsupilami dans le dernier album de Yoann et Vehlmann... Honnêtement, je n'ai aucun exemple de "problème" de ce type dans la série-mère avant ces albums. La seule "étrangeté" est en fait une convention tacite, qui est celle que les personnages gardent leur âge une fois qu'on les connait (que ce soit la jeunesse des héros ou la vieillesse de Champignac) alors que le monde autour d'eux évolue mais ça...
EDIT concernant le Petit Spirou, parce que le texte d'intro précise bien que c'est "le grand quand il était petit"
mais encore une fois, l'incidence sur la série-mère, je ne la vois pas...