Pour l'instant, je te conseillerais de ne pas te précipiter pour vendre l'ancienne (Tout Gil Jourdan) pour les raisons suivantes :
La nouvelle a plus de cachet, une meilleure apparence, c'est indéniable. Les dossiers y sont plus substantiels et plus intéressants. Voilà, en quelques mots, pour les points forts de l'intégrale actuelle.
En plus, tes volumes n'étant pas en première édition, tu risques d'en tirer des clopinettes.
La nouvelle intégrale se cantonne aux seules histoires de Gil Jourdan (ce qui n'est déjà pas si mal et ne constitue pas une tromperie), malgré quelques bonus (je ne suis pas allé y mettre le nez dedans, mais je reviendrai en parler si j'ai oublié quelque chose de substantiel).
Avec l'ancienne, tu as déjà tous les récits de G.J. mais en sus, tu peux profiter des histoires courtes du G'man, l'agent fédéral Bob Slide ainsi que "Le lac de l'homme mort" de Marc Jaguar. De mémoire, je crois me souvenir qu'on y trouve également le récit de Félix présentant Marc Jaguar pour "Contrebande". Ce RC de Marc Jaguar, absent de l'album sorti en avril, sera présent dans le tome 8 (à paraître dans un an) de l'intégrale Félix aux éditions de l'Elan.
Il faudrait que je m'y plonge davantage pour voir s'il y a d'autres choses qui ne se retrouvent pas dans l'actuelle.
Déjà, pour avoir une sorte d'équivalence dans le contenu BD, il faudrait remplacer les anciens Tout Gil Jourdan par les quatre volumes de l'Intégrale Gil Jourdan plus le volume récent "Marc Jaguar" qui vient de paraître. Mais il manquerait toujours Bob Slide.
(Rappel : Bob Slide est dans le TGJ 4 et Marc Jaguar dans le TGJ 6, ceux dont je me débarrasserai en dernier si je dois soulager mes étagères).
Il faudrait vérifier si dans les "Tout Gil Jourdan" on ne trouve pas du matériel de Tillieux pour Dupuis resté inédit en album comme "La vieille tige", "La roue" et quelques autres récits complets et gags divers.

Edit. : je viens de vérifier une chose. Dans la nouvelle intégrale, le récit complet "La poursuite", qui est une préquelle à "Libellule s'évade", provient de scans non nettoyés. Le résultat est dégueulasse alors que dans le Tout Gil Jourdan, il avait été utilisé des films de qualité, sans doute ceux réalisés pour le journal Spirou.
"La rue perdue", jadis publiée dans un Tintin Spécial et dans le TGJ tome 6, est également assez moche dans l'intégrale actuelle.
Il me semble néanmoins que la nouvelle intégrale contient quelques courts récits absents de Tout Gil Jourdan.
Ainsi que des nouvelles de G.J. illustrées, également absentes de Tout GJ.
En revanche, les mini-récits de Tillieux pour Spirou (La Vieille Tige et La Roue) sont absents des deux intégrales.